哈尔滨工程大学隶属于国家工信部，是“国防七校”、“东北五校”之一，以“三海一核”为办学特色，是我国“三海一核”领域最大的高层次人才培养基地和重要的科学研究基地，被国家授予“航母建设突出贡献奖”单位。

学校是国家“首批27所211工程”、“985平台”、“56所研究生院”、“1959年首批20所全国重点大学”、“1960年64所全国重点大学”、“1978年88所全国重点大学”；是“国际船舶与海洋工程创新与合作联盟”、“船舶与海洋工程大学联盟”、“深海工程与高技术船舶协同创新中心”牵头高校；“中俄工科大学联盟”、“北京高科大学联盟”重要成员；入选国家“111计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“21世纪人才强军计划”、“国家建设高水平大学公派研究生项目”；

学校由国防科工委、海军、教育部、黑龙江省四方重点共建。