有氧氧化大致可分为三个阶段：第一阶段是葡萄糖循酵解途径分解成丙酮酸；第二阶段就是丙酮酸进入线粒体内，氧化脱羧生成乙酰辅酶A。第三阶段是三羧酸循环及氧化磷酸化。

糖的有氧氧化主要发生在线粒体中，分为三个阶段：第一阶段为糖酵解途径，葡萄糖转变成2分子丙酮酸，在胞液中进行；第二阶段为乙酰辅酶A的生成，丙酮酸进入线粒体，由丙酮酸脱氢酶复合体催化，经氧化脱羧基转化成乙酰辅酶A；第三阶段为三羧酸循环，包括电子的跨膜传递生成的ATP和底物水平磷酸化生成的ATP，同时生成二氧化碳和水。