区别如下：

乳清蛋白含有多种免疫活性物质，大豆蛋白不含免疫球蛋白和乳铁蛋白；乳清蛋白的氨基酸比例接近人体，吸收利用率较高，大豆蛋白吸收利用率较低；大豆蛋白嘌呤含量高于乳清蛋白；乳清蛋白无转基因问题，大豆蛋白多为转基因大豆；乳清蛋白通常价格高于大豆蛋白；乳清蛋白是优质的蛋白质来源，大豆蛋白是经济的蛋白质来源。