境内最高海拔为2412、9米。

1、万源市属典型的山区农业市，境内山峦重叠，沟壑纵横，海拔高差较大，相对高差达2000多米，大部分地方海拔600至1400米，占幅员面积的83%，地形由东北向西南倾斜，地貌类型主要多为山地。

2、大巴山主脉自西北向东南绵亘于境内北部，主要山峰有花萼山、赵家山、歪头山、老八合山、九盘石、龙池山等，海拔均在1600米以上，最高峰花萼山海拔为2380.4米。