有两套房不可以抵扣个税。

《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》

第十四条：纳税人本人或者配偶单独或者共同使用商业银行或者住房公积金个人住房贷款为本人或者其配偶购买中国境内住房，发生的首套住房贷款利息支出，在实际发生贷款利息的年度，按照每月1000元的标准定额扣除，扣除期限最长不超过240个月。纳税人只能享受一次首套住房贷款的利息扣除。

一人有两套房，第二套房执行的是首套房贷款利率，这是银行对你的优惠，个人所得税专项附加扣除是按照纳税人只能享受一次首套住房贷款的利息扣除执行的。